Lịch sử của nhà thờ Saint-Germain-l'Auxerrois bắt đầu từ thời các vị vua Mérovée. Nhà thờ đầu tiên đã bị những người Normand phá trong khoảng 885 tới 886 khi họ tấn công Paris.

Tới thế kỷ 11, nhà thờ được xây dựng lại và được hoàn chỉnh trong nửa đầu thế kỷ 12. Cửa phía Tây của nhà thờ được thực hiện trong thập niên 1220. Điện và gian của ban thờ Đức Mẹ bắt đầu vào thế kỷ 14. Gian giữa cùng cổng được xây vào thế kỷ sau đó. Cánh ngang cùng các ban thờ thực hiện vào thế kỷ 16. Khoảng năm 1580 thì công việc hoàn thành.

Đầu thế kỷ 17, nhà thờ Saint-Germain-l'Auxerrois tiếp tục có những sửa chữa quan trọng, chính điện được bố trí lại. Tới thế kỷ 18, kiến trúc sư Claude Bacarit và nhà điêu khắc Louis-Claude Vassé trang trí lại nhà thờ.

Vào thời kỳ Cách mạng Pháp, nhà thờ được dọn trống, dành cho các cửa hàng, xưởng in và sở cảnh sát. Năm 1802, Saint-Germain-l'Auxerrois quay trở lại chức năng của nhà thờ Thiên Chúa giáo. Nhưng tới năm 1831, những người nổi dậy chống nền quân chủ đã cướp phá nhà thờ. Saint-Germain-l'Auxerrois tiếp tục bị đóng cửa và đã có những đề xuất phá bỏ.

Ngày 13 tháng 5 năm 1837, nhà thờ Saint-Germain-l'Auxerrois được mở cửa trở lại. Hai kiến trúc sư Victor Baltard và Jean-Baptiste-Antoine Lassus sửa chữa nhà thờ trong khoảng 1838 tới 1855. Từ 1858 tới 1863, kiến trúc sư đạt giải Khôi nguyên La Mã Théodore Ballu tiếp tục công việc trùng tu. Cả bên ngoài, nội thất, trang trí đều được làm lại.